Über dem Grab der heiligen Afra (+304) entstanden nacheinander eine spätrömische Basilika, dann ein vorromanischer und ein romanischer Kirchenbau.
Hier fand der im Jahre 973 gestorbene Bischof Ulrich seine letzte Ruhestätte. Im Jahre 1012 kamen Mönche vom Tegernsee und gründeten ein Benediktinerkloster St. Ulrich und Afra, das als Reichsstift bis 1802 bestand.
Der jetzige Kirchenbau wurde 1474 im Langhaus begonnen und erst um 1600 im Chor und am Turm beendet.
Die erste Orgel, von der wir wissen, wurde unter Abt Adelhalmus (1050-1065) beschafft; sie stand also in der romanischen Vorgängerkirche.
Der Abt Konrad Winkler (1334-1355) ließ wiederum eine Orgel aufstellen. Ein weiteres Werk - vermutlich das dritte - entstand unter Abt Juhann von Giltingen (1482-1496);
der Preis betrug 107 Gulden. Als Erbauer gilt der Breslauer Stephan Kaschendorf, der zur gleichen Zeit in Nördlingen wirkte.
Die Chronik bemerkt ausdrücklich, dass das Werk nur hölzerne Pfeifen hatte. Offensichtlich hielt man dies für eine erwähnenswerte Verbesserung gegenüber den vormals ausschließlich üblichen Pfeifen aus Kupfer oder Zinn.
Über den Standort der Orgel lässt sich keine absolute Klarheit gewinnen. Die westliche Empore bestand damals noch nicht, der Chor der Kirche wuchs erst langsam empor;
mithin muss man den Platz der Orgel im Lang- oder Querhaus suchen. Mehrere Quellen berichten von einem „Zwischengewölbe am Schluss des mittleren Schiffs”,
auf dem sich die Orgel befand und das wohl um 1650 entfernt worden ist.
Aus der Festschrift zur Orgelweihe 1982, Dr. P. Behrens
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