Disposition der Fuggerorgel von 1581
| 1. | Principal | 8' |
| 2. | Flauttwerck | 8' |
| 3. | Coppelbass | 8' |
| 4. | Octaf | 4' |
| 5. | Superoctaf | 2' |
| 6. | Quint | |
| 7. | Mixtur | 6fach |
| 8. | Zimbelwerck | 2fach |
| 9. | Klains Verdeck | 4' |
| 10. | Busaune | 16' |
| 11. | Herrenlen (Toppelte Quinten) |
| Tremulant, Vogelsang, Herbauckh, Ventil, 6 Blasebälge |
| 12. | Pedal-Principal | 16' |
Die Register 1, 2, 3, 7 und 10 sind auch im Pedal spielbar.
Mit dem Jahr 1580 tritt die Familie Fugger in die Geschichte der "ulrikanischen" Orgeln ein. Jakob Fugger (1542-1598), ein Sohn des Anton Fugger,
schließt mit dem Abt Jakob Köplin und dem Orgelbauer Eusebius Amerbach Verträge ab, wonach er im nördlichen Seitenschiff die sogenannte Michaelis- oder Fuggerkapelle
als Grablege für sich und die Seinen errichten darf. Dort wurde ebenerdig ein Instrument platziert, da es die westliche Empore zur damaligen Zeit noch nicht gab.
Die Fugger-Orgel kostete 2500 Gulden.

Die Stiftersöhne Georg, Hans, Max und Hieronymus Fugger beschlossen im Jahre 1606, die Orgel an „
ain ander bequemer orth zu transferieren”.
Abt und Prior waren einverstanden, dass die Freiherren durch den Maurer Conrad Stos für 744 Gulden eine imposante westliche Empore errichten ließen. Zugleich wird dem
jeweiligen Organisten vom Kloster eine Wohnung zur Verfügung gestellt, die einen Mietwert von 20 bis 24 Gulden jährlich darstellt, nebst 6 Klafter Holz.
Disposition der Fuggerorgel von 1790
| | Manual C-c3, 45 Tasten |
| 1. | Principal | 8' |
| 2. | Viola di Gamba 2fach |
| 3. | Koppel | 8' |
| 4. | Waldflöte | 4' |
| 5. | Octav | 4' |
| 6. | Mixtur 6-8fach | 3' |
| 7. | Feldflöten 2fach | 2' |
| 8. | Cimbal 2fach | 1' |
| | Pedal C-a, 18 Tasten |
| 9. | Principal 2fach | 16/8' |
| 10. | Octavbaß | 8' |
| 11. | Violoncellobaß | 8' |
| 12. | Trompetenbaß | 8' |
| 13. | Kornetbaß 6fach | 4' |
Man benutzte die Verlegung (1607), um die Orgel auf 13 Register zu erweitern. Den Auftrag hierzu erhielt Marx Günzer. Zur gleichen Zeit beschaffte man das prachtvolle
Orgelgehäuse. Der Stadtmaler Matthias Kager schuf die Enwürfe und führte - unterstützt von Faßmaler Elias Greuther - die künstlerischen Malerarbeiten aus.
Die großen Flügel (6,66m hoch) zeigen links Christi Himmelfahrt, rechts Mariae Himmelfahrt. Die Rückseiten der Flügeltüren hängen heute im Presbyterium (rechte Seitenwand)
und stellen links den Apostel Jakobus, rechts "St. Anna selbtritt" dar.
Die Fuggerorgel wurde im Wechsel mit der Kloster- und Pfarrorgel gespielt. Im Laufe der Jahrhunderte wurde sie mehrfach gereinigt, überholt und umgebaut,
so z.B. in den Jahre 1676, 1743 und 1775, als Andreas Stein, der berühmte Klavier- und Orgelbauer, am Ulrichsplatz wohnhaft, einen Wartungsvertrag abschloss.
Zusammen mit seinem Schüler Joseph Wirth vollzog er 1790 einen Umbau. Das Rückpositiv, dessen Zufügung wohl ins 18. Jahrhundert gefallen war, tritt in den Akten
von 1790 nicht mehr auf.
Schon im Jahre 1824 ist die Fuggerorgel wieder arg schadhaft. Josef Bohl reparierte das große Werk zweimal (1846 und 1860). Jetzt sind erstmals zwei Manuale vorhanden.
Über die Registerzahl bestehen unterschiedliche Ansichten; sie muss zwischen 21 und 33 gelegen sein.
Obgleich der Augsburger Meister Mühlbauer 1888 die große Orgel gereinigt und gestimmt, die Mechanik verbessert und um einen Magazinball erweitert hat,
brach man schon am 3. Februar 1903 die Orgel ab.
Aus der Festschrift zur Orgelweihe 1982, Dr. P. Behrens